Здравствуйте.
Да, такая возможность в программе «Экспресс-расписание Школа» есть.

В параметрах программы (команда «Сервис» - «Параметры») на вкладке «Расписание» нужно указать в поле «Подгрупп» - 3. После этого в справочнике «Нагрузка» (команда «Справочники» - «Нагрузка») добавлять по две строки нагрузки для 5-9 классов (первая и вторая подгруппа) и по три строки для 10 класса (первая, вторая, третья подгруппы), выбирая в поле «Подгруппа» соответственно 1, 2, 3.